《制度儒學》反思了近代以來，特別是新儒家將儒學窄化為心性之學的缺失，主張以精神理想和現實制度相結合的方式來審視儒家的本來面目和未來發展空間，書中有三個中心議題，其一是儒家與中國傳統的政治制度和社會秩序之間的關系；其二是以康有為和孔教會為中心討論儒家在近代中國如何面臨制度化解體和重建的復雜進程；其三則是通過批林批孔等典型事例的分析，討論儒家與現代中國政治和社會變革的關聯，思考如何重建儒家與中國人生活的關系。《《制度儒學》》認為儒家應該在未來中國的發展中發揮應有作用，且中國人在進行制度創新和價值重建的過程中，必須充分吸收儒家的資源。而傳統與現代、激進與保守的二元對立，是達成儒家價值重生、實現民族復興的思想基礎。
